Isabel y su hermano Alfonso viven felices en Arévalo con su madre Isabel de Portugal, viuda del rey Juan II de Castilla. Sin embargo, un mal día son llevados por la fuerza a la corte de Segovia por orden de su hermano, el rey Enrique IV. Al llegar a Segovia, Isabel y Alfonso quedan bajo el cuidado de la reina, Juana de Avis, que los desprecia y teme a la vez porque constituyen una amenaza para el futuro de la hija.

La conspiración dirigida por Pacheco y Carrillo alcanza su plenitud con la rebelión de los nobles, donde se acusa al rey Enrique de secuestrar a Isabel y Alfonso. El rey Enrique pronto verá que aceptar negociar le llevaría a ser un rey sin mando, y sobre todo de Pacheco, que pide la expulsión de Beltrán de la Cueva de la Corte y que Alfonso deje Segovia y pase a su custodia, lejos del rey Enrique.

Isabel y Beatriz crecen y ya es hora de casarse. El problema es que no son ellas las que eligen marido ¿Podrá resistirse Isabel de nuevo a ir al altar con un hombre al que ni siquiera conoce?, ¿Qué tramará Pacheco?

Una tragedia sacude la corte y la vida de Isabel cambiará para siempre. Tendrá que tomar una decisión: obedecer a Enrique o ser una rebelde.

La muerte de Alfonso ha cambiado completamente el panorama. Ahora Isabel tendrá que elegir entre ser reina u obedecer a Enrique IV, que por otra parte, cada vez está más debilitado ¿Echará de menos Juana al rey mientras permanece alejada de la corte? ¿Qué escándalo sacudirá la corte? ¿Se atreverá por fin Gonzalo a decirle a Isabel lo que siente por ella?

Fernando de Aragón busca esposa en Castilla, necesita aliados que le den poder y llenen sus arcas mermadas. Mientras, Isabel, lucha por no ser casada con algún rey europeo que la lleve lejos de Castilla. El futuro de estos dos jóvenes cada vez está más cerca.

Isabel, atemorizada y hundida por las amenazas recibidas, no sabe con quién casarse: el Duque de Guyena o Fernando de Aragón. Los dos son de la misma edad. El francés le garantiza evitar más tensiones con su hermano el rey, que la responsabilizaría, en caso de negarse, de una nueva guerra. Mientras tanto Pacheco trama nuevas conspiraciones para seguir manejando monarcas y nobles a su antojo.

Isabel y Fernando ¡Por fin consiguen conocerse!, a pesar de que el rey quiere evitarlo a toda costa, pero el empeño de Isabel y Fernando puede con todo.

Isabel está conmocionada. El hecho de conocer a Fernando ha aumentado más el nerviosismo. No puede definir sus emociones. Pero es evidente que se siente atraída por él. Fernando se da cuenta de su nerviosismo e intenta ganársela hablando. El Papa no dio su autorización a la boda, pero Fernando está dispuesto a todo, quiere a Isabel y quiere a Castilla ¿Veremos por fin a la Princesa de Asturias en el altar?

La boda de Isabel y Fernando ha sido un éxito: muchos nobles les apoyan, el pueblo les aclama y ve en ellos el nacimiento de una nueva Castilla, pero aún quedan muchos escollos. Y el tiempo va en su contra, porque no tienen bula y eso les hará impopulares. Comienza una vida de casados nada fácil. La lucha con Enrique continúa mientras Aragón se sigue arruinando. Isabel y Fernando se quedan sin dinero y sin apoyos, ¿cómo van a conseguir sentarse en el trono?

Los celos afectan la relación entre Fernando e Isabel. Además Carrillo y sus ansias de poder ponen muy nervioso a Fernando de Aragón. Tras huir de Valladolid, Isabel y Fernando se refugian en Medina de Río seco. Pacheco, apoyado por Enrique, decide dar el golpe final atacando a las ciudades afines a Isabel. Quienes apoyaron a Isabel son perseguidos y desposeídos de sus bienes y títulos. Isabel, como reacción, decide dar respuesta por carta a cada una de las acusaciones hechas públicamente por Enrique y las hace llegar al rey.

El 26 de julio de 1471 muere el papa Paulo II en Roma. Unos días después, se elige papa a Sixto IV. Es el momento de desbloquear la situación de la bula de Isabel y Fernando. Juan II de Aragón envía a su fiel Pierres Peralta a hablar con el nuevo Papa y le lleva parabienes económicos a Sixto y le habla de que contará siempre con Aragón en todo a cambio de la bula papal del matrimonio de su hijo Fernando con Isabel, Sixto acepta, es tiempo de cambiar.

El último capítulo de la temporada viene cargado de grandes momentos. Veremos morir a dos de los personajes principales de la trama y a Isabel proclamándose reina ¿A qué retos se tendrá que enfrentará la reina de Castilla ahora que tiene la corona en su poder?

Tras la coronación de Isabel, estallan los primeros problemas matrimoniales. Fernando cree que Isabel ejerce funciones que él considera propias de un monarca varón y se siente desplazado. El arzobispo Carrillo, intenta sacar partido de sus diferencias.

Isabel está de nuevo embarazada, pero antepone sus obligaciones como reina. Desde la corte de Alfonso V llega una noticia demoledora: Juana va a casarse con el rey Luso, que parece dispuesto a defender con las armas los derechos de su joven esposa al trono de castilla. la guerra es inevitable.

Isabel y Fernando deben permanecer unidos si quieren ganar la guerra y ratificarse como monarcas de castilla. Mientras Fernando y sus tropas luchan para derrotar a los rebeldes, Isabel gobierna. Se propone ser una reina justa, pero no resulta fácil: el pueblo está hambriento y los desmanes están a la orden del día.

Mientras los últimos focos de resistencia juanista van cayendo, Isabel se debate entre imponer duras penas a los nobles vencidos o pactar con ellos. Pero Diego Pacheco, uno de los principales caudillos enemigos, se niega a capitular.

Isabel emprende un viaje hasta Sevilla. Allí deberá imponer orden en una ciudad sin ley. Por otro lado, la vida de Muley da un giro cuando se enamora de una esclava cristiana. Las reacciones de Aixa y Boabdil sobre el enamoramiento del Emir no se hacen esperar.

Isabel da a luz al príncipe Juan. los reyes ven cumplidos sus objetivos: la victoria definitiva sobre Portugal y un heredero varón para las coronas de Castilla y Aragón. No obstante, Isabel no ceja hasta lograr encerrar a su enemiga Juana en un convento.

La infanta Juana ha nacido, es una bebé sana y despierta. No obstante, el físico de la reina teme las consecuencias de un nuevo embarazo e impone una dura prueba a los reyes. Fernando, por su parte, desea reanudar la relación adultera con Beatriz de Osorio, a pesar de la aparente oposición de la joven.

Isabel aún se siente humillada por la aventura de Fernando con Beatriz de Osorio. El rencor y el temor a que una ofensa así se repita lastran sus compromisos como gobernante. El consejo de Fray Hernando de Talavera facilita el necesario reencuentro de los monarcas.

Los primeros éxitos en la guerra contra Granada animan a realizar ataques de mayor envergadura. Sin embargo, la falta de medios aconseja prudencia. Fernando, no obstante, se ve forzado a lanzar una ofensiva para contentar a los nobles impacientes. Por fortuna para Isabel y Fernando, el bando musulmán está dividido.

Los reyes aprovechan la captura de Boabdil para lanzarlo contra el bando de su padre, ahora capitaneado por el Zagal. Aixa y su hijo tienen sus propios planes: intentan ganar tiempo para reunir apoyos. En el futuro, habiéndose librado de sus rivales en Granada, pararán los pies a los cristianos.

Finalmente, la guerra de Granada puede decidirse si Málaga es sometida. La ciudad mas importante del reino, con una codiciada salida al mar, no caerá fácilmente. Mientras el asedio se prolonga, un cristiano originario de Napoles que vive en Granada se ofrece para traicionar a el Zagal y abrir las puertas de la ciudad a las huestes de Fernando...

A pesar de la advertencia que ha supuesto la conquista de Málaga a sangre y fuego, Boabdil sigue dando largas para rendir a Granada. Ha conseguido el apoyo de la armada turca y cree poder resistir ante los castellanos... o al menos renegociar las capitulaciones.

Granada debe rendirse. Así lo ha decidido Boabdil. Pero no entregará el reino hasta el último momento. En su ausencia, Aixa está dispuesta a destruir la alhambra e inmolarse con los suyos antes que capitular. En la corte de Isabel ya se piensa en el futuro. Para evitar perder el favor del Papa, Isabel y Fernando se plantean la expulsión de los judíos.

Isabel, una erie multipremiada inspirada en la vida de la reina Isabel I de Castilla, quien sería conocida como Isabel la Católica. La apasionante lucha de una mujer que con apenas con 20 años se corona como reina. Más allá de los hechos históricos, narra las pasiones, emociones y renuncias de una mujer adelantada a su tiempo y que alcanzó un poder sólo destinado hasta entonces a los hombres.

Fernando e Isabel son recibidos en Barcelona con grandes muestras de alegría. Allí va a firmarse un tratado de paz con Francia. Pero Fernando sufre un atentado y tanto él como Isabel se dan cuenta de la fragilidad de lo conseguido. Precisamente entre los logros de su reinado ha de contarse los nuevos territorios conquistados por Colón.

El regreso de Colón tras su primera expedición en las Indias está a punto de generar un conflicto con el país vecino. Mientras Isabel trata de convencer al papa Alejandro VI para que reconozca sus derechos sobre las tierras descubiertas por Colón, el rey de Portugal reclama los territorios recientemente adquiridos. Con el objetivo de evitar la batalla, Isabel y Fernando deciden negociar con Juan de Portugal los derechos sobre los hallazgos en el Atlántico.

Mientras llegan noticias desalentadoras sobre la capacidad de Colón para gobernar los nuevos territorios, el rey Carlos de Francia parece tener todas las de ganar en su campaña italiana. Fernando e Isabel han de neutralizar la amenaza que supone la ambición del monarca francés en este y en otros conflictos.

En su afán por frenar las ambiciones de Carlos VIII de expandir su reino a toda Europa, los Reyes Católicos cierran uno de los negocios más importantes que perpetuará el gobierno de los Trastámara en Castilla. A su regreso, Cristobal Colón debe reunirse con los Reyes Católicos, siendo consciente de que deberá rendirles cuentas de los acontecimientos acaecidos en las Indias.

Tiempo después del enlace entre Juana y Felipe, la princesa se siente algo asombrada de la vida libertina que se respira en la corte flamenca. Su marido Felipe no cesa en el intento de alejarla de todas las personas que la acompañaron desde Castilla. Esta noticia llega a oídos de Isabel y Fernando, quiénes empiezan a sospechar que su yerno podría tener intenciones que perturbasen los intereses de sus reinos. El príncipe Juan muere y la muerte del infante supone un peligro para ambas coronas, pues no existe descendencia masculina para ocupar el trono.

Tras la muerte prematura del príncipe Juan, los reyes se apresuran a jurar como herederos a Isabel y Manuel. El archiduque Felipe, que ya acecha el trono de Castilla y Aragón, empieza a perfilarse como un enemigo en lugar del aliado que buscaban y busca el apoyo del rey de Francia para hacer realidad sus pretensiones.

La reina Isabel está preocupada por la tensa situación que vive su hija Juana con su esposo Felipe, se le suma el dolor que le produce el fallecimiento de la princesa Isabel a causa del parto lo que complica los planes sucesorios de los reyes de Castilla que deberán poner todas sus esperanzas en Miguel de la Paz, hijo de Isabel y Manuel de Portugal.

Fernando acude de prisa a Granada, ciudad en la que la revuelta de los musulmanes se ha tornado muy violenta. Cuando Fernando se entera de la treta de su yerno decide proponer al rey de Francia repartirse el reino de Nápoles y que se haga la paz entre sus reinos. Por otro lado, tras la repentina muerte de Miguel de la Paz, Isabel propone hacer venir a Juana y a su esposo para que las Cortes los juren como herederos, a pesar de todos los inconvenientes que eso conlleva.

"Las estrategias políticas de Isabel y Fernando se ven mermadas tras el fallecimiento del príncipe Miguel de la Paz, y son conscientes de que la única posibilidad que les queda es jurar futuros herederos a su hija Juana y su esposo Felipe, muy a su pesar, pues sus sospechas sobre la monopolización que quiere ejercer su yerno sobre sus reinos se hacen cada vez más latente. Cristobal Colón llega a Castilla para responder ante los reyes sobre las graves acusaciones que se ciernen sobre él, las cuales le acusan de ejercer la tiranía en los nuevos territorios descubiertos en las Indias.

Los Reyes Católicos son conscientes que deben dar al pueblo unos herederos capacitados para gobernar los reinos de Castilla, Aragón y las nuevas conquistas en tierras de las indias. Su hija Juana y su esposo Felipe, llegan a Castilla después de un arduo viaje y son nombrados por las cortes castellanas como futuros herederos de las diferentes coronas. Días posteriores, la reina Isabel cae gravemente enferma. De manera extraña, su yerno Felipe alega tener ciertos asuntos que resolver en Flandes y aproxima su partida. El ánimo Juana se ve mermado a raíz de la partida de su amado, y se empieza a sospechar de la incapacidad de la princesa para gobernar.

Isabel continúa con su delicado estado de salud. Fernando decide mandar a su yerno Felipe a Francia para negociar la paz con Nápoles. Éste hace una alianza con Francia, rompiendo así la lealtad con sus suegros. Para Juana, el viaje de su marido supone un duro golpe a su estado anímico y en un ataque de locura, Juana amenaza con darse muerte si no le permiten reunirse con su esposo. Fernando es consciente que las actuaciones de Juana alteran gravemente el estado de Isabel, por lo que decide, dejar que su hija finalmente se reúna con su marido.

Fernando intenta recuperar su relación con Felipe. Pero en realidad, Fernando solo intenta sosegar la situación, ya que lo que quiere es apartar a su hija y a su yerno de la sucesión. Los reyes desean que su nieto Carlos sea educado en España para convertirse en rey cuando cumpla la edad adecuada. Por otro lado, algunos nobles temen que el rey de Aragón tome el control de Castilla una vez Isabel fallezca.

La reina Isabel, desde su lecho de muerte, dicta sus últimas disposiciones, y busca evitar que Juana y Felipe accedan al poder. Para ello debe encontrar la fórmula para que el gobierno de Castilla permanezca en manos de Fernando. El maltrato al que Felipe somete a su esposa ha llegado a oído de los reyes. Pero el marqués de Villena advierte al señor de Belmonte de que la locura de Juana podría conllevar la permanencia de Fernando como regente, y no el gobierno del archiduque Felipe. Por ello, intentará evitar que la princesa sea declarada incapaz.